Errepublikaren aldeko indarrek Espainiako hiriburu nagusietan irabazita, 1931ko apirilean, amaitu zen Alfontso XIII.aren erregealdia eta etorri zen Bigarren Errepublika. Araban errepublikanoek Gasteizko Udala eta Probintziako Kudeaketa Batzordea (Diputazioa) eskuratu zituzten arren, politikoki probintziak kontserbadore eta eskuineko jarraitu zuen.

Miñoiei dagokienez, Administrazioaren aldaketarekin batera zenbait proiektu bertan behera geratu ziren. Batik bat ordura arteko eginkizunetan jarraitu zuten, zerga bilketan eta zeregin administratibo eta estatistikoetan, alegia. 1933an Probintziako Aurrezki Kutxak sukurtsalak ireki zituen, eta haien zaintza Gorputzaren ardurapean geratu zen.

1936ko uztailean Armadaren parte bat altxatu egin zen, eta matxinatuek beren helburua orduan bertan ezin bete arren, gerra zibil ikaragarria piztu zen Espainian. Bizkaiak eta Gipuzkoak Errepublikaren alde eutsi zioten. Araba, aldiz, matxinatuei lotu zitzaien, Aiaraldea eta beste guneren bat izan ezik.

Gerran miñoiei, Armadan parte hartzetik salbuetsita, beste zeregin batzuk egokitu zitzaizkien, hala nola kartzela, la Electra, Probintziako Jauregia eta beste zenbait eraikinen zaintza, probintziako zerga bilketa, Probintziako Kutxaren sukurtsalen kudeaketa edo protokolo jarduerak.

Gorputza, instituzio gisa, auzi politikoetan nahastu ez bazen ere, frankistek garaipena lortu zutenean, 1939an, Miñoien garbiketari eta ikuskapen prozesuari ekin zioten, haren kideetako batzuek erregimen berriarengana zuten atxikimendu ideologikoa zenbateraino iristen zen jakiteko.